OpenPNM sur Meso@LR

OpenPNM est un logiciel disponible en téléchargement à l’adresse suivante https://openpnm.org/

(L’image mise en avant sur cette page est disponible en téléchargement à partir de : https://openpnm.org/).

OpenPNM est un projet open source visant à fournir aux chercheurs en milieux poreux un cadre prêt à l’emploi pour effectuer une large gamme de simulations de réseaux de pores.

Source : Gostick J, Aghighi M, Hinebaugh J, Tranter T, Hoeh MA, Day H, Spellacy B, Sharqawy MH, Bazylak A, Burns A, Lehnert W. OpenPNM: a pore network modeling package. Computing in Science & Engineering. 2016 May 25;18(4):60-74. doi:10.1109/MCSE.2016.49.

Exemple de fichier SLURM pour lancer en série un code pour la version openpnm 3.5 :

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=openpnm_3-5_test
#SBATCH --output=job_%j.out # Stdout (%j = Job ID)
#SBATCH --error=job_%j.err # Stderr

#SBATCH --mail-type=END
#SBATCH --mail-user= .... #your adress mail
#SBATCH --partition= ... #your partition
#SBATCH --account= ... #your account
#SBATCH --nodes=1 # number of nodes
#SBATCH --ntasks=1 #number of core used ->1
#SBATCH --ntasks-per-node=1 #number of core par nodes 14

# Charge Singularity
module purge
module load singularity/3.6.3

# Pour lancer le script Python à l’intérieur du conteneur
singularity run \
--bind $PWD/my_file.py:/mnt/my_file.py \
openpnm_3.5.sif \
/mnt/my_file.py

Exemple de fichier SLURM pour lancer en série un code avec la version 2.8.2 de openPNM :

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=the name of your job
#SBATCH --output=job_%j.out         # Stdout (%j = Job ID)
#SBATCH --error=job_%j.err          # Stderr

#SBATCH --mail-type=END
#SBATCH --mail-user=your adress mail ici
#SBATCH --partition=your partition
#SBATCH --account=your account
#SBATCH --nodes=1 # number of nodes
#SBATCH --ntasks=1 #number of core used ->1
#SBATCH --ntasks-per-node=1 #number of core par nodes 14


# Charge Singularity
module purge
module load singularity/3.6.3


# Pour lancer le script Python à l’intérieur du conteneur
singularity run \
  --bind $PWD/my_file.py:/mnt/my_file.py \
  openpnm_2.8.2.sif \
  /mnt/my_file.py